После длительных скитаний, Принц Персии возвращается домой в Вавилон, раздираемый войной. Всю власть в нем прибрал к своим рукам тщеславный Визирь. Некогда цветущий город превратился в кровавое поле брани: Принц должен остановить бессмысленную резню!

Третий эпизод саги «Пески Времени» вносит новую особенность в игровой процесс: раздвоение личности главного героя позволяет оперировать двумя его сущностями, при необходимости переключаясь от одной к другой. Принц и его двойник обладают разным стилем ведения боя и имеют разное оружие в своем арсенале. Но это – не единственное нововведение в игре для мобильного телефона Prince of Persia 3 (The Two Thrones): система управления игрой претерпела значительные изменения, появились уровни с гонками на колесницах.